1. اجرای مطالعات بیولوژیک کلروفیل a ، فیتوپلانکتون، زئوپلانکتون، نکتون ها، بنتوزها و ... در آبهای خلیج فارس، دریای عمان و دریای خزر
2. مطالعات بیولوژیک و اکوبیولوژیک، پایش و حفاظت زیستگاههای حساس ساحلی شامل زیستگاههای مرجانی، علفزارها، جلبکزارها، جنگلهای حرا، مناطق تخم گذاری لاک پشتهای دریایی، پهنه های جزر و مدی، مصبها و خوریات، اجتماعات بسترزی و بنتوزها ماکروفونا، مایوفونا و میکروفونا مناطق تخم ریزی پرورشگاهی آبزیان و سایر زیستگاههای حساس ساحلی و جزایر
3. تهیه و تدوین ضوابط و استانداردهای اکولوژیک و بیولوژیک محیط زیست دریایی و مناطق حساس ساحلی صخره های مرجانی، جنگلهای حرا و.. .
4. بررسی و پایش اکولوژیک آبهای ساحلی شامل پارامترهای فیزیکوشیمیایی اکسیژن محلول، حرارت ، شوری، PH ، کدورت، چگالی، جریان، جزرو مد، کلروفیل a ، بیولوژیک و همینطور گونه های مهم آبزی پرندگان آبزی دریایی، پستانداران دریایی، لاک پشت های دریایی، ماهیان، مهره داران و بی مهرگان وابسته به دریا و در معرض خطر و انفراض شامل پراکنش، تولید مثل، تغییرات جمعیتی، ذخایر و زیست توده، مهاجرت و ... و زیستگاههای مربوطه شامل مناطق تخم ریزی و پرورشگاهی، مناطق تغذیه ای و مهاجرتی
5. پایش وضعیت اکولوژیک و بیولوژیک و سلامت زیستگاههای حساس و تغییرات آن و عوامل مخرب آن مناطق مرجانی، بسترهای علفی، جنگلهای حرا، اجتماعات بسترزی، مناطق تخم گذاری لاک پشتها، مناطق تخم ریزی و پرورشگاهی آبزیان و ....
6. انجام گشت های تحقیقاتی اقیانوس نگاری محلی، ملی و منطقه ای و بین المللی آبهای فراساحل بررسی های بیولوژیکی، اکولوژیکی و فیزیکی شامل پارامترهای فیتوپلانکتونها، زئوپلانکتونها و ایکیتوپلانکتون ها، اجتماعات بسترزی ماکروفون، مایوفون، میکروفون، نکتونها و غیره، پارامترهای فیزیکوشیمیایی آب وبررسی امواج و جریانات.
7. حفاظت گونه های آسیب پذیر، در معرض خطر و در معرض انقراض و زیستگاههای آن در مناطق ساحلی و دریایی شامل تمامی گونه های لاک پشتهای دریایی، ماهیان خاویاری، دلفین ها و نهنگ ها و ...
8. بررسی و حفاظت از تنوع زیستی در مناطق ساحلی و دریایی با اهمیت اکولوژیک و تنوع زیستی بالا شامل مناطق مرجانی، حرا و ...
9. راه اندازی برنامه جامع احیاء و بازسازی زیستگاهها و اکوسیستم های ساحلی و دریایی آسیب دیده شامل صخره های مرجانی، جنگلهای حرا،جلبکزارها، علفزارها، اجتماعات بسترزی، مناطق تخم ریزی و پرورشگاهی آبزیان دریایی و ..
10.بررسی گونه های مهاجم ناشی از آب توازن و تکثیر و پرورش گونه های وارداتی و تهدیدات اکولوژیک مربوطه و نحوه مقابله با آن
11.بررسی مرگ و میر آبزیان خلیج فارس، دریای عمان و دریای خزر ناشی از شکوفایی پلانکتونی و سایر آلودگی ها و تدوین برنامه های کاهش عوامل موثر
12.تهیه و تدوین ضوابط لازم برای حفاظت و بهره برداری پایدار از منابع محیط زیست دریاها
13.اجرای مسئولیت های مربوط به کمیته حفاظت محیط زیست شورایعالی اقیانوس شناسی
14.همکاری مستمر با مراکز تحقیقاتی و علمی ملی، منطقه ای و بین المللی در زمینه های مرتبط با محیط زیست دریایی
15.اجرای مسئولیت های ناشی از پیمان های منطقه ای و بین المللی دریایی
16.جمع آوری و تکمیل اطلاعات تخصصی
17.بررسی و اجرایی نمودن و نظارت بر حسن اجرای پروتکل های مربوط به کنوانسیون کویت سازمان راپمی در چارچوب شرح وظائف دفتر اکوبیولوژی دریایی
18.بررسی و اجرایی نمودن و نظارت بر حسن اجرای پروتکل های مربوط به کنوانسیون تهران در چارچوب شرح وظائف دفتر اکوبیولوژی دریایی
19.بررسی و اجرایی نمودن و نظارت بر حسن اجرای کنوانسیون لندن و پروتکل های مربوطه در چارچوب شرح وظائف دفتر اکوبیولوژی دریایی
20.همکاری در اجرای کنوانسیون تنوع زیستی، کنوانسیون حمایت از گونه های وحشی مهاجر، کنوانسیون مربوط به تالاب های مهم بین المللی بویژه تالاب های زیستگاه پرندگان آبزی رامسر، کنوانسیون تجارت بین المللی گونه های جانوران و گیاهان وحشی در معرض خطر انقراض و نابودی، اتحادیه بین المللی حفاظت از طبیعت و منابع طبیعی و سایر کنوانسیون ها در چارچوب شرح وظائف دفتر اکوبیولوژی دریایی
21.همکاری با سایر دفاتر ستادی سازمان حفاظت محیط زیست و دیگر دفاتر ذیربط سازمانهای مرتبط در زمینه ارزیابی پیامدهای سوء بهره برداری از منابع بیوفیزیکی دریا
22.اصلاح قوانین و مقررات و حقوق مربوط به دریا با مشارکت ارگانهای دریایی به منظور حفاظت بهتر از محیط زیست دریایی و مقابله با تخلفات
23.تشریک مساعی ملی و فراملی در جهت حفظ اکوسیستم ها و زیستگاه ها
24.راه اندازی برنامه جامع پایش مستمرمحیط زیست دریایی آبهای جنوبی و شمالی کشور جنبه های تنوع زیستی، فیزیکوشیمیایی، جریانات اکولوژیک و بیولوژیک
25.برنامه دقیق ارزیابی وضعیت محیط زیست دریایی بر اساس نتایج پایش دایمی اکوبیولوژیکی و فیزیکو شیمیایی
26.ظرفیت سازی در جهت انجام مطالعات اکو بیولوژیک و حفظ محیط زیست ساحلی دریایی
27.بازسازی مناطق و زیستگاههای حساس ساحلی و دریایی آسیب دیده بویژه صخره های مرجانی و جنگلهای حرا و سایر زیستگاههای حساس با حمایت و همکاری سایر ارگانهای دریایی و جوامع محلی و سازمانهای غیردولتی
28.اجرای برنامه های افزایش آگاهی عمومی و گسترش آموزشهای تخصصی در زمینه محیط زیست دریایی و همکاری با سازمان های غیر دولتی و جوامع محلی ساحلی در راستای حفاظت و بهره برداری پایدار محیط زیست دریایی با همکاری دفتر آموزش و مشارکت های مردمی
29.شناسایی و بررسی بیواندیکاتورها و پالاینده های طبیعی و استفاده از آنها جهت شناسایی وضعیت محیط زیست دریا و ارائه راهکارهای حفاظتی
30.ارزش گذاری منابع زیستی دریایی
31.بررسی، پایش و مدیریت منابع و ذخایر شیلاتی و فعالیتهای صید و صیادی و هدایت آن به سمت شیوه های بهره برداری پایدار منابع زیستی دریا